Трансплантація гемопоетичних стовбурових клітин не є операцією. Клітини вводять з трансфузійного мішка, як при переливанні крові, або ж за допомогою великого шприца через катетер.
Пересадку проводять після того, як пацієнт пройшов процедуру підготовки – тоді йому вводять або відібрані раніше для пересадки власні клітини (при аутотрансплантації) або донорські (при алогенній трансплантації). Якщо трансплантація передбачає використання донорських стовбурових клітин, то їх мають отримати від донора і доставити до медичного закладу напередодні процедури (не пізніше 72 годин).
Пересаджені клітини потрапляють у кровоносне русло, доходять до кісткового мозку, де починається процес їх приживлення. Якщо ці клітини починають виробляти здорові елементи крові, можна говорити, що приживлення відбулося.
Цей процес триває близько двох тижнів, загалом близько місяця пацієнт залишається у стерильному боксі. Для сприяння приживленню пересаджених клітин лікарі призначають препарати, що стимулюють роботу органів кровотворення.
Успішність пересадки кісткового мозку залежить від багатьох факторів, насамперед: від складності захворювання та стадії, загального стану хворого на момент проведення трансплантації, сумісності донора та реципієнта, виду пересадки, віку пацієнта.